Реагенты для отбора фрагментов РНК и ДНК по длине

Отбор фрагментов (сайз-селекция) — критический этап подготовки библиотек для Illumina. На этом этапе происходит удаление слишком коротких фрагментов (димеры адаптеров) и слишком длинных, снижающих качество кластеризации. Оптимальная длина фрагментов обычно составляет \(200\)–\(600\) пар оснований (п.о.). Для точного разделения применяют магнитные частицы и гель-электрофорез.

1. Магнитные частицы (на основе SPRI)
Самый популярный и доступный метод для высокопроизводительных лабораторий. Работает за счет изменения концентрации полиэтиленгликоля (ПЭГ) и солей в буфере.

Двусторонняя селекция (Double-sided size selection): Позволяет получить узкое, строго заданное распределение фрагментов.
- Шаг 1 (Right-side): Добавление небольшого объема магнитных частиц связывает крупные фрагменты (остаются на магните), а нужные и мелкие остаются в растворе.
- Шаг 2 (Left-side): Жидкость переносят и добавляют новые частицы, которые селективно связывают фрагменты целевого размера. Мелкий «мусор» (димеры адаптеров) остается в раствор.

2. Гель-электрофорез

Преимущества: Высочайшая точность, возможность визуального контроля распределения фрагментов по длине.
Процесс: Образец наносят на агарозный гель. После разделения полосу геля с целевым размером вырезают и ДНК/РНК экстрагируют.