Реагенты для фрагментации НК

Фрагментация ДНК и РНК (расщепление на более короткие участки) — обязательный этап подготовки библиотек (пробоподготовки) для NGS. Большинство NGS-платформ не могут считывать молекулы длиннее 300–600 пар оснований, поэтому исходные цепи необходимо предварительно фрагментировать.

Существуют три основных метода фагментации:

1. Физическая фрагментация

Механическое разрушение цепей с помощью обработки ультразвуком (соникации).

2. Ферментативная фрагментация

Этот метод подразумевает использование специфических ферментов — нуклеаз или транспозаз.

Метод с фрагментазами: ДНК обрабатывается ферментами, которые разрезают цепи случайным образом. Размер полученных фрагментов зависит от времени инкубации.
Метод с транспозазами (Тэгментация): Фермент транспозаза одновременно фрагментирует ДНК и встраивает в ее концы адаптеры для секвенирования. Этот метод объединяет фрагментацию с последующим этапом (лигированием адаптеров).

3. Химическая фрагментация

Гидролиз нуклеиновых кислот происходит в результате воздействия на молекулу ДНК или РНК ионами двухвалентных металлов (например, магния или цинка) при повышенной температуре.

Как правило, данный метод используется для РНК-секвенирования с целью фрагментации РНК перед созданием кДНК-библиотек.